Pada tahun 1996, MRSM Tun Ghafar Baba adalah di antara tiga maktab yang diberi amanah untuk melaksanakan Program Khas Pendidikan selain daripada MRSM Pengkalan Chepa dan MRSM Taiping. Program ini menawarkan satu program yang boleh memperkembangkan dan meluaskan pengalaman serta mengcungkil bakat para pelajar yang biasanya tidak dapat diasah dalam kurikulum biasa. Pelajar pelajar yang mempunyai 'talent pool' dipilih berdasarkan keputusan PMR dan dianggap 'gifted' atau pintar cerdas.

Selain daripada menyediakan pelajar-pelajar dalam menghadapi peperiksaan SPM, dengan menggunakan 'Schoolwide Enrichment Model'(SEM) yang diasaskan oleh Dr. Joseph Renzulli, MRSM Tun Ghafar Baba menyediakan pelbagai aktiviti pengkayaan SEM yang menjurus kepada aktiviti aktiviti yang memaksimakan potensi mereka dan memberi cabaran kepada kebolehan mereka. Model ini memberi pengalaman pembelajaran yang pelbagai untuk pelajar pintar cerdas.